Article 6060 du CODEX : Rétrovirus
De nombreux acides aminés et diverses biomolécules pourraient être arrivés sur Terre depuis l’espace, comme tend à le prouve la météorite de Murchison. Le dernier ancêtre commun universel (LUCA, de l’anglais Last Universal Common Ancestor) est considéré comme l’organisme ancien qui a précédé toute vie cellulaire sur Terre. LUCA ne constitue néanmoins pas la vie à son commencement, puisque c’était un organisme déjà complexe, capable de synthétiser des protéines et de répliquer de l’ADN. Les éléments réplicatifs les plus simples qui ont précédé LUCA pourraient être issus d’ARN, de ribozymes auto-réplicatifs, de viroïdes ou de virus. On a démontré que l’ARN pouvait passer d’une forme inactive d’un point de vue enzymatique à une forme active. De larges pools de molécules d’ARN donnent naissance à des espèces qui présentent diverses conformations tridimensionnelles. Les ribozymes peuvent cliver, lier et répliquer d’autres ribozymes et ce sont les ribosomes qui synthétisent les protéines.
Un rétrovirus est un type de virus qui insère une copie de son génome d’ARN dans l’ADN de la cellule hôte qu’il envahit, modifiant ainsi le génome de cette cellule. Une fois qu’il se trouve à l’intérieur du cytoplasme de cette cellule hôte, le virus se sert de sa propre transcriptase pour produire de l’ADN, à l’inverse du schéma habituel. Le nouvel ADN est ensuite intégré dans le génome de la cellule hôte par une intégrase. La cellule hôte traite alors l’ADN viral comme une partie de son propre génome et transcrit les gènes viraux en même temps que ses propres gènes, produisant les protéines nécessaires pour créer de nouvelles copies du virus. C’est la méthode dont se servent Moderna et Pfizer pour créer les anticorps de leur vaccin contre le Covid-19. Des vestiges du monde de l’ARN ont encore des fonctions essentielles dans notre monde moderne de l’ADN et des protéines. On a démontré que les viroïdes pouvaient devenir plus complexes en acquérant une capacité de codage. Les protéines chargées positivement aident à démêler les structures d’ARN, ce qui permet d’obtenir des taux de réplication plus rapides et protège l’ARN de la dégradation.
D’anciens virus géants, tels les mimivirus, possèdent les gènes nécessaires à une réplication autonome et sont aussi complexes que certaines espèces vivantes. Les virus géants sont la preuve que les virus peuvent acquérir des informations génétiques grâce à un transfert horizontal des gènes pour devenir des entités aussi complexes que des cellules. A la différence des virus actuels, qui sont des parasites ayant besoin de cellules pour se répliquer, les ancêtres des virus d’aujourd’hui étaient des rétrovirus libres. Même certains virus actuels, comme les poliovirus, peuvent se répliquer en dehors des cellules, dans un environnement riche et dense.
50 % du génome humain est constitué d’éléments de type rétrovirus. Les animaux qui réchappent d’une infection intègre le rétrovirus, lequel les protège d’une surinfection ultérieure. Les virus fournissent de nouveaux gènes et sont des facteurs déterminants de l’évolution. Ainsi, les chauve-souris sont porteuses du coronavirus sans que la maladie ne se déclare.
À l’instar de toutes les autres formes de vies cellulaires, les archées hébergent également des virus. Elles peuvent utiliser différentes sources d’énergie, notamment les sucres, l’ammoniac, l’hydrogène et la lumière du soleil. Elles élisent leur habitat dans tout type de milieu naturel et font partie du microbiote des humains et des autres espèces. Elles sont particulièrement abondantes dans les océans où, en tant qu’éléments du plancton, elles constitueraient le groupe d’organismes les plus nombreux de notre planète. Du point de vue de l’évolution, les archées pourraient être plus anciennes que les bactéries. Les virus archéens sont uniques, dans la mesure où la plupart des protéines codées ne partagent pas de séquence notable avec d’autres protéines connues et où plus d’un quart des protéines dont la structure a été déterminée présentent des plis uniques et d’autres éléments structurels originaux. Elles sont relativement petites comparées aux virus et aux cellules mais restent polyvalentes, mutables et capables de réplication autonome en l’absence de code génétique et de protéines.